Idea penubuhan Sekolah Sukan Malaysia (SSM) ini juga adalah hasil dari sesi lawatan Bahagian Sukan, Kementerian Pelajaran Malaysia (KPM) ke Sekolah Sukan Ecole de Mortagne, Kanada yang mula beroperasi pada tahun 1985. Sesi lawatan ‘benchmarking’ itu juga diteruskan ke Sekolah Sukan Ragunan, Jakarta, Indonesia mula beroperasi pada tahun 1996. Lawatan ini bertujuan untuk mengenal pasti konsep dan pelaksanaan sebuah sekolah sukan acuan Malaysia dan mendapat idea sebagai langkah berwawasan jauh bagi membangunkan pelajar yang berpotensi menjadi atlet negara. Sekolah Sukan Malaysia Bandar Penawar telah siap dibina pada bulan Disember 1997 dan telah memulakan operasinya pada 18 Januari 1998. Bilangan kakitangan pada ketika itu hanya 20 orang guru dan jurulatih serta 4 orang kakitangan sokongan. Pada tahun 1998, seramai 143 orang atlet pelajar telah mendaftar. Bilangan pelajar bertambah dari tahun ke tahun. Kapasiti maksimum pelajar yang mampu ditampung oleh SSBP adalah 600 orang. Jenis sukan yang mula diperkenalkan di sini adalah adalah hoki, sepak takraw, gimnastik, gimrama, renang, terjun, bola sepak dan bowling.Pada 16 April 2011, Duli Yang Amat Mulia Tunku Mahkota Ismail ibni Sultan Ibrahim, Tunku Mahkota Johor telah berkenan merasmikan sekolah ini dan menjenamakan semula sekolah ini dengan nama Sekolah Sukan Tunku Mahkota Ismail. Sehingga kini terdapat 16 jenis sukan yang ditawarkan di sekolah ini.